A Administração da Hidrovia do São Francisco como órgão subordinado institucionalmente à Gerência de Hidrovias do Departamento Nacional de Infra-estrutura de Transportes - DNIT e gerencialmente à Companhia Docas do Maranhão - CODOMAR, no âmbito de sua respectiva jurisdição, compete promover e desenvolver as atividades de execução, acompanhamento e fiscalização de estudos, obras e serviços e exploração das vias navegáveis  interiores dos portos fluviais, lacustres e eclusas que lhe venham a ser atribuídos pelo Departamento, bem como exercer outras atividades compatíveis.

Possui jurisdição sobre rios, portos e eclusas, exclusivamente de navegação interior, da bacia hidrográfica do rio São Francisco.

A sede da AHSFRA está  dentro da área do porto fluvial de Pirapora, situada à margem direita do São Francisco, 4 km à jusante de Pirapora - MG.